Bien se ha dicho que lo que mal empieza mal termina y este es el caso de la reforma del régimen de las regalías. Arrancó con el pié izquierdo, constitucionalizando la distribución de los recursos provenientes de las mismas, lo cual es un exabrupto y, lo que es peor, se compartimentaron tales recursos a través de la creación de una multiplicidad de fondos, lo cual es a todas luces inconveniente e irracional. El decreto - ley a través del cual se reglamenta y desarrolla el Acto Legislativo 05 mediante el cual creó el SGR profundiza esos vicios.
Las dificultades que no tuvo el Acto Legislativo en su trámite a lo largo de sus ocho debates reglamentarios se le presentaron al proyecto de ley que lo desarrolla y reglamenta, que estuvo a punto de hundirse en la recta final. En efecto, no obstante, contar con mensaje de urgencia para agilizar su trámite, solo a última hora y a los trompicones logró el Gobierno su aprobación en las plenarias de Senado y Cámara en la madrugada del 16 de diciembre, fecha esta en la que se clausuraban las sesiones del primer período de la segunda legislatura.
A última hora, la inesperada rebelión de más de ochocientos alcaldes recién electos de todo el país puso en aprietos al Gobierno. Ellos manifestaron su inconformidad con el proyecto de ley de marras y pidieron su archivo, al considerar que el mismo era lesivo para sus intereses. Uno de sus voceros, el alcalde de Popayán, Francisco Fuentes, manifestó que "pretenden que las regalías, que son para las regiones, se distribuyan en proyectos de impacto regional que tenía que desarrollar el Gobierno Nacional, pero no con recursos que son de nosotros".
Ante la presión, el ministro de Hacienda, Juan Carlos Echeverri, accedió a que un 40% de los recursos del FCR se destine a financiar proyectos de impacto local. Ahora son los departamentos los que han quedado en limbo, ya que sus proyectos no tienen ni impacto local ni regional.