Fue pionero de la Cirugía Pediátrica en Colombia y creador del programa de esta especialidad en la Universidad Nacional de Colombia.
Estudió en el Liceo Celedón, donde se graduó como bachiller en 1945 y posteriormente viajó a Bogotá para iniciar sus estudios de medicina en la Universidad Nacional de Colombia, obteniendo allí su título de Médico en 1952 y luego se fue a Fundación, Magdalena, donde realizó su año rural desde mediados del 53.
Se casó con su amor, Alba Luz Barros, a quien había conocido desde que tenía 14 años, con quien tuvo 4 hijos: Efraím José, Lourdes María, Ligia Mercedes y Javier Enrique Bonilla Barros. Ya casado regresó a Fundación y terminó su rural en los primeros meses de 1954, pero permaneció en ella como Director del Centro de Salud hasta 1957 cuando viajó a México donde adelantó sus especializaciones, gracias a sendas becas obtenidas por concurso, la primera de Mead Jonson, para hacer pediatría en el Hospital Infantil de México, afiliado a la Universidad Autónoma de México y la segunda de la Organización de Estados Americanos, OEA para cirugía pediátrica, su verdadera vocación, en el mismo Hospital y las cuales terminó en 1962, fecha para la cual regresó al país.
El Doctor Bonilla Arciniegas ejerció diferentes cargos, dentro de los que mencionamos: Jefe de la Unidad de Cirugía Pediátrica del Departamento de Cirugía de la Universidad Nacional de Colombia desde 1966; Director del Departamento de Cirugía del Hospital de la Misericordia; logró la creación de un programa de Especialización en Cirugía Pediátrica en la Universidad Nacional de Colombia en 1986.
En los múltiples reconocimientos se destaca su condecoración con la Cruz de Esculapio de la Federación Médica Colombiana en el 2010.
Efraím partió a su encuentro con el Señor, dejando tristeza y dolor en sus seres queridos. Elevamos una plegaria al cielo por su eterno descanso y expresamos nuestras condolencias a sus hijos Efraím José, Lourdes María, Ligia Mercedes y Javier Enrique Bonilla Barros y demás familiares.
Paz en su tumba.
