Con el arribo de Colon a América se hizo un cambio brusco por la imposición de las ideas, leyes y costumbres traídas por los españoles.
En efecto, con la llegada de los conquistadores se evidenció los drástico de las leyes penales incluidas en las Siete Partidas pues llegó la cárcel con la creación de mazmorras, el destierro y los españoles trajeron la esclavitud, la posesión a la fuerza de la tierra, el adulterio, la poligamia y se empezó a deslumbrar la cárcel como castigo.
Se desprende que a comienzos del siglo XVII se estableció en el Nuevo Reino de Granada el capitán Francisco Martínez de Ribamontán Santander que había sido nombrado por el rey Felipe III como nuevo gobernador de Santa Marta. El nuevo gobernador llegó a Cartagena en 1619 e inmediatamente se desplazó por tierra hacia la pequeña villa a cumplir con su cometido. Encontró la población samaria aterrorizada por las acciones de piratería y de hurto de los corsarios ingleses, pero con la ayuda de soldados, armas y caballos, pudo recuperar el arruinado fuerte de San Juan y puso a la fuga a los piratas. Su gestión como gobernador se caracterizó por la lucha permanente en contra de los piratas ingleses que prácticamente perdieron el respeto y el miedo y se fondeaban bien adentro de la bahía para abordar a los veleros españoles y huir con el botín.
Además, por frecuentes enfrentamientos con el clero para frenar sus abusos y con las grandes familias que tenían el prestigio social y económico de la región y que abusando de su poder económico cometían toda una clase de desmanes. Esto le provocó que se le abriera investigación y posterior responsabilidad para enviarlo a la prisión del cabildo y posteriormente emigrar a Honduras desterrado de Santa Marta. El general Francisco de Paula Santander, descendía por línea directa de Francisco Martínez de Ribamontán Santander quien fue el primero con este apellido en llegar a América con la casualidad que también su tataranieto fue desterrado de su amada Colombia por las acciones y acusaciones de la conspiración septembrina.
Luego, a partir del siglo XVIII, el encierro intramural empieza a tomar connotaciones de castigo ejemplar a raíz que se empieza a ver la libertad como esencial en el ser humano. Quiere lo anterior decir que lo que hoy conocemos como régimen carcelario se empezó a percibir desde el siglo XIX, pero sus comienzos se remontan al XVIII desde el cual se comienza a escribir del papel principal que la cárcel empezaba a tener dentro del proceso penal.
En síntesis, surgió entonces que existían dos derechos en la época de la colonia: el Indiano y el Español. El segundo, conformado por todas las disposiciones legales dictadas y promulgadas para la península Ibérica y el derecho de Indias como una legislación o sistema jurídico completo casi autónomo para regir a las colonias españolas. Pero lógicamente no se pudo evitar las influencias de las Siete Partidas.